Le prince Thadeous arrogant et paresseux, doit effectuer une quête pour sauver son royaume avec l'aide de son frère Fabious héritier présomptif. Ils doivent sauver la fiancée de Fabious, la Belladone enlevée par le méchant magicien Leezar.

De retour d’Afrique, où leur dernière
aventure les avait menés, Alex et ses
fidèles amis Marty, Gloria et Melman
aspirent désormais à rentrer chez eux, à
New York, et à retrouver le cadre familier
du zoo de Central Park. Autant dire qu’ils
sont prêts à tout pour y parvenir !
Alors que King Julian, Maurice et les
Pingouins se joignent à eux, leur nouvelle
expédition rocambolesque les conduit en
Europe où ils trouvent la couverture idéale :
un cirque ambulant dont ils deviennent les
héros – façon Madagascar bien sûr !