À Miami, Daniel Lugo, coach sportif, ferait n’importe quoi pour vivre le « rêve américain » et profiter, comme sa clientèle fortunée, de ce que la vie offre de meilleur : maisons de luxe, voitures de course et filles de rêve… Pour se donner toutes les chances d’y arriver, il dresse un plan simple et (presque) parfait : enlever un de ses plus riches clients et… lui voler sa vie. Il embarque avec lui deux complices, Paul Doyle et Adrian Doorbal, aussi influençables qu’ambitieux.

Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier !